A las puertas de la Guerra Civil española, el trabajo de María empezó a verse amenazado, así como su propia familia. El 31 de julio de 1936 su hermano el escritor Ramiro de Maeztu era detenido y encarcelado para ser fusilado el 29 de octubre de ese mismo año. Un duro golpe para María que decidió abandonar España e instalarse en Buenos Aires donde continuó con su trabajo docente.
María de Maeztu volvería a pisar su tierra natal muchos años después a causa de otras noticias tristes, la muerte de su madre en 1945 y de su otro hermano, el pintor Gustavo de Maeztu en 1947. Poco después volvía a cruzar el océano para no regresar jamás.
El 7 de enero de 1948 fallecía en Mar de la Plata. Su cuerpo sería repatriado para descansar en el mausoleo de la familia Maeztu en Estella.

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